确切地说，微生物菌剂是菌而不是肥，因为它本身并不含有植物生长发育需要的营养元素，而只是含有大量的微生物，在土壤中通过微生物的生命活动，改善作物的营养条件。

使用方法：

1、育苗：采用盘式或床式育秧时，可将生物菌肥拌入育秧途中堆置三天，再装入育苗盘和育苗钉。营养钵育苗时，先将生物菌肥均匀拌入育苗土中，再装入营养钵育苗时。因育苗多在温室或塑料棚中进行，温湿度条件比较好，易于微生物繁殖生长，用量可比田间基肥的小一些。

2、基肥（底肥）：生物菌肥用量少，单施不易施匀，覆土之前易受阳光照射影响效果，有风天又会发生被风吹跑的问题。因此，用作基肥时在施用有机肥条件下，应将金宝贝微生物菌肥与有机肥按1:500-1.5:500的比例混匀，用水喷湿后遮盖，堆腐3-5天，中间翻到一次后施用。施用时要均匀施于垄沟内，然后起垄；如不施用有机肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍湿润的细土，均匀施于垄沟内，然后即起垄覆土，注意与化肥隔开使用。在水田或旱田也可以均匀撒施于地表，然后立即耙入土中，不能长时间暴露在阳光下暴晒。

3、口肥：在施用有机肥或化肥做基肥的基础上，用生物菌肥做种肥，或掩播作物做种肥使用，刨掩后将拌有细土的生物菌肥施于掩中，再点种。

4、拌种：先将种子表面用水或用豆浆、红糖水喷湿润，然后将种子放入菌肥中搅拌，使种子表面均匀沾满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。拌种后不要放置在阳光下暴晒，也不要放置时间过长。拌种用菌肥量与种子大小有关，烟草等小粒种子，每千克种子50-100克即可，大粒种子需要量就多一些，拌有金宝贝菌肥的种子播种后也要立即覆土，防止阳光中紫外线杀伤菌肥中的微生物。

5、喷施：也是一种用于追肥的施用方法。将生物菌肥先用少量水浸泡4-6小时，然后再加水进行搅拌，搅拌后用较细目布或尼龙纱网布过滤，将虑清液喷施在作物叶背面和果实上。整个生育期中，根据作物生长情况结合作物营养临界期和最大效应期喷施2-3次。喷施时最好在傍晚或无雨的阴天。喷施追肥的方法适用于蔬菜和密播作物。喷施有明显增产效果，但效果一般要低于土壤施用效果。以土壤施用与喷施相结合效果最好。

注意事项：根据生物肥料的特点，在使用过程中一般要求注意以下几个问题：

一是使用生物肥料要求一定的环境条件和栽培措施，以保证微生物生长繁殖所需要的环境条件，使肥料充分发挥作用；

二是生物肥料一般不能单独施用，一定要和化肥、有机肥配合施用，只有这样才能充分发挥生物肥料的增产效能；

三是在生产、运输、贮存和使用过程中注意杀菌条件。

利用土壤中一些有特定功能的细菌而制成的菌肥，具有改良土壤、保护生态环境等明显的生态效益，是21世纪生态农业的好肥料。但长期以来，由于一些菌肥效果不稳定，菌数少，无效和有害的杂菌多，细菌在土壤中成活率低，造成菌肥对作物增产的效果不理想，农民不爱使用。